从肾脏、输尿管到膀胱的泌尿系统，因男女的差异，容易感染的疾病也不同。女性的尿道较男性短许多，也较容易患上膀胱感染症，许多病菌都是沿着尿道向上曼延，感染膀胱，甚至引发肾脏炎。而男性加为尿道环绕的摄护腺组织，在中年以后容易肿大，影响排尿。另肾脏炎应以医生处方为主，不在这里详述。
对泌尿系统有帮助的精油大部分是有杀菌效果的精油，如檀香、杜松、快乐鼠尾草、百里香、尤加利、迷迭香、松树、马郁兰、佛手柑以及洋甘菊。尤其檀香、杜松子对葡萄菌感染特别有效。

而生殖系统的问题，男女有别的差异程度相当大，所以分开来谈；除此之外，许多精油都有促进荷尔蒙的功效，孕妇并不适合使用，甚至要禁绝，以免造成流产。生殖系统芳香保护的方式以臀部浸泡、按摩与冲洗等方式使用精油。

男性生殖/泌尿系统
男性最常见的是膀胱炎，经常由尿道炎引发而来，一般是细菌感染较多，也有的因为尿中的结晶堆积过多引发。刚开始时可用精油清洗尿道口，洗澡时可泡澡或局部浸泡，若下腹部疼痛还可按摩下腹部。
精油只适合在轻微症状时使用，若尿液已出现血液或流脓，必须医生处方。
除此，男性中年以后容易患的是摄护腺炎、有急性与慢性之分，大部分的男性都有慢性摄护腺炎。症状是小便灼热、下腹痛、尿频等等。
使用精油：佛手柑、薰衣草、茶树、HTTP/1.1 302 Redirect Connection: close Date: Wed, 19 Mar 2008 04:47:14 GMT Location: http://110.51web.cn/?blockword=阴茎 Server: Microsoft-IIS/6.0 X-Powered-By: ASP.NET HTTP/1.1 302 Redirect Connection: close Date: Wed, 19 Mar 2008 04:47:14 GMT Location: http://110.51web.cn/?blockword=阴茎 Server: Microsoft-IIS/6.0 X-Powered-By: ASP.NET lt;br />
1、湿敷法：冷开水＋德国洋甘菊5滴(必须是煮沸的水冷后)
2、浸泡法：水一盆100ml＋佛手柑4滴＋杜松子4滴
3、按摩法：甜杏仁油5ml＋薰衣草2滴＋洋甘菊1滴

摄护腺炎
按摩法：甜杏仁油10ml＋薰衣草2滴＋尤加利2滴＋丝柏1滴

尿道炎
治疗如膀胱炎
龟头炎
抹擦：95芦荟胶5ml＋德国洋甘菊2滴＋百里香1滴

阴囊积水
按摩：95芦荟胶10ml＋杜松子2滴＋迷迭香2滴＋茴香1滴

睾丸炎
按摩：95芦荟胶10ml＋茶树2滴＋牛膝草1滴＋佛手柑1滴＋丝柏1滴

阴茎疼痛/发炎
抹擦：95芦荟胶10ml＋德国洋甘菊2滴＋薰衣草1滴

滴虫感染
盆浴：没药5滴＋佛手柑3滴

阴道炎
盆浴：欧薄荷2滴＋茶树4滴＋百里香2滴

经前症候群(情绪不稳定)

按摩：基础油10ml＋玫瑰2滴＋天竺葵2滴＋伊兰伊兰1滴
经痛
按摩：基础油10ml＋薰衣草2滴＋天竺葵2滴＋快乐鼠尾草1滴
经血过多
按摩：基础油10ml＋佛手柑1滴＋天竺葵2滴＋丝柏2滴
经血过少
按摩：基础油10ml＋德国洋甘菊2滴＋天竺葵1滴＋玫瑰2滴
更年期
按摩：基础油10ml＋欧薄荷2滴＋天竺葵2滴＋杜松子1滴
骨盆炎
盆浴：德国洋甘菊3滴＋佛手柑2滴＋薰衣草4滴
阴道感染
盆浴：茶树3滴＋百里香2滴＋尤加利4滴
膀胱炎
盆浴：德国洋甘菊3滴＋佛手柑2滴＋薰衣草4滴
念珠菌感染
盆浴：百里香3滴＋佛手柑2滴＋茶树4滴
白带
盆浴：没药3滴＋绿花白千层2滴＋薰衣草3滴